1910 begann Ernst Brunner-Huber als Ergänzung zum elterlichen Bauernhof mit der gewerblichen Obstverwertung, die Wehntaler Mosterei war gegründet. Die Suche nach neuen Produkten entsprach dem Unternehmensgeist der Familie. So wurden auf dem landwirtschaftlichen Betrieb der Familie Brunner schon um die Jahrhundertwende Spezialkulturen wie Spargeln, Erdbeeren und Tafelobst angelegt.

Praktisch alle grösseren Mostereien der Schweiz wurden im Zeitraum 1890 bis 1910 gegründet, der Gründerzeit der gewerblichen Obstverwertung. Ernst Brunner sen. war ein Pionier der Süssmosterei im Zürcher Unterland. Begeistert von den Forschungsarbeiten von Prof. Müller-Thurgau an der Forschungsanstalt Wädenswil, befasste er sich als einer der ersten in der Region mit der Produktion von unvergorenem, pasteurisiertem Apfelsaft. Zu Beginn des 20. Jahrhunderts wurde Apfelsaft vor allem in Form von Apfelwein oder Branntwein konsumiert, auch von Kindern. Das Engagement von Ernst Brunner-Huber galt auch der Volksgesundheit und der Produktion von gesunden, alkoholfreien Getränken. Pionierhaft war auch die zweite Generation, Ernst Brunner-Lunt und Hans Brunner-Massoud. So wurde in der Wehntaler Mosterei die erste gewerblich brauchbare Aromarückgewinnungsanlage konstruiert, ein Meilenstein für die Qualität der Obstsäfte.

Nach dem 2. Weltkrieg gerieten Obstbau und Obstverwertung in einen starken Strukturwandel. Die Einführung von Niederstammkulturen veränderte die Landschaft und bei den Obstverwertern setzte ein Verdrängungsprozess ein. 1961 wurde die Einzelfirma in eine Aktiengesellschaft umgewandelt, ein wichtiger Schritt, um das Ueberleben zu sichern. Bald darauf wurde die Abfüllerei aufgegeben, später dann auch der Getränkehandel. Die Produktion richtete sich vor allem auf Konzentrate aus. Birnel, ein Konzentrat aus Birnensaft ist noch immer ein wichtiges Standbein der Wehntaler Mosterei. Neben der Obstverwertung wurden neue Betätigungsfelder gesucht, wozu zum Beispiel die Extraktion von pflanzlichen Rohstoffen für verschiedene Kunden gehört, aber auch der Betrieb einer Grastrocknerei von 1960 bis 2002.

Seit 1985 arbeitet die 3. Generation mit und laufend wurden die Einrichtungen und Geräte den Anforderungen angepasst. Die Wehntaler Mosterei verarbeitet nach wie vor das Mostobst aus dem Zürcher Unterland und angrenzenden Gebieten. Das Obst aus der Region wird gepresst, pasteurisiert, oder als Konzentrat eingelagert. Die Produktion von Getränken beschränkt sich heute aber auf pasteurisierten und unpasteurisierten Saft ab Presse, sowie Süssmostkonzentrat. Mit vielen Lohnarbeiten hat sich die E. Brunner AG ein breites Spektrum an Wissen über die Verarbeitung von weniger üblichen Rohstoffen erarbeitet. Das Hauptprodukt ist heute Birnel, die andere Art zu Süssen aus Birnensaft.

Nach einer Umstrukturierung wird das Geschäft seit Ende 2016 durch Stefan (Produktion) und Robert Brunner (Qualitätssicherung) geführt.